2025年7月4日于曼谷举行的抽签仪式确认，2025-2026赛季东盟俱乐部锦标赛将没有印尼球队参赛。尽管印尼足球联盟（LIB）此前已向东盟足联（AFF）注册马鲁古联队和泗水佩尔塞巴亚队（2024-2025赛季印尼联赛第三、四名），但AFF坚持要求由联赛冠亚军万隆佩西普拉队和德瓦联队参赛。
由于赛程冲突（两支球队需同时参加亚冠二级联赛和亚足联挑战联赛），且遵循上赛季联赛规程，LIB最终拒绝调整参赛名单。本次赛事共有12支球队参赛，泰国以卫冕冠军武里南联队、巴吞联队和曼谷联队三支球队成为最大参赛国。马来西亚、越南和新加坡各获两个席位，柬埔寨直接获得一个正赛名额。另外两个名额将通过附加赛产生：文莱卡苏卡FC对阵菲律宾塞布动态草本FC，柬埔寨以斯拉FC对阵缅甸掸联队。
具体分组如下：
A组：武里南联（泰国）、巴吞联（泰国）、雪兰莪（马来西亚）、河内公安（越南）、淡滨尼流浪者（新加坡）、附加赛胜者1（文莱vs菲律宾）
B组：曼谷联（泰国）、柔佛DT（马来西亚）、南定黄英嘉莱（越南）、狮城水手（新加坡）、斯威士皇家（柬埔寨）、附加赛胜者2（柬埔寨vs缅甸）
