美国与印尼达成的互惠贸易协定引发关注。尽管该协定被认为能够保障出口市场准入，但评估认为，它给印尼经济政策的灵活性及外交政策主权带来巨大风险。
印尼宏观经济分析中心（CORE Indonesia）经济学家尤斯里（Yusuf Rendy Manilet）认为，该协定第5章第5.1条中关于”补充行动”的规定存在根本性问题。该条款规定，当美国以经济或国家安全为由限制与特定国家的贸易时，印尼有义务采取同等的限制措施。尤斯里·伦迪·马尼莱特向媒体表示，这意味着，当美国封锁或限制与某一国家的贸易时，印尼被期望同步调整其政策。
尤斯里担心这一政策将波及印尼的主要贸易伙伴，如俄罗斯、伊朗、加拿大乃至中国。而中国是印尼最大的贸易伙伴，同时也是下游产业的主要投资者。如果印尼必须在此问题上与美国协调对华立场，对贸易和投资流动的影响可能非常显著。他强调，这不再仅仅是关税问题，而是触及了外交政策主权以及印尼在全球事务中自由积极立场的层面。
尤斯里认为，由于2025年4月的第14257号行政命令，政府承受着巨大压力。该美国政策威胁要将印尼的出口关税从最惠国待遇税率上调至32%左右。印尼宏观经济分析中心（CORE）的模拟显示，如果没有该协定，印尼可能遭受高达92.3亿美元的出口损失，主要集中在纺织品、鞋类和电子产品领域。然而，尤斯里质疑付出的代价是否值得。因为印尼做出了广泛让步，包括法规改革和购买330亿美元美国产品的承诺，而美国基本上只是将此前单方面提高的关税重新降下来。他补充道，从结构上看，印尼的谈判地位似乎被削弱了，因为所作的让步是长期的，而获得的收益更多是对美国单边政策的修正。
从贸易差额角度看，承诺从美国购买价值330亿美元的能源、航空和农产品可能会扩大双边贸易逆差。鉴于部分美国农产品相较于澳大利亚或巴西并不具备更强竞争力，印尼还可能面临失去选择最有效供应商的灵活性风险。
对企业界而言，影响将各不相同。纺织品出口商确实因19%的关税（相较于潜在的32%）而获得喘息之机。然而，国内化妆品、制药乃至汽车行业的从业者将因各种非关税政策的取消而面临巨大压力。
尤斯里接着指出，另一个值得注意的问题是，美国公司被豁免了国产零部件率水平的义务。他认为，给予这种特殊待遇可能会给那些已经遵守规定在国内建立生产设施的其他国家投资者造成双重标准的印象。尤斯里总结道，从长远来看，这可能会造成不确定性，并削弱印尼投资政策的一致性。
